明朝时期，明朝皇帝郁闷的原因有很多。明朝面临着内外交困的局面。内部，明朝政府内部腐败严重，官员贪污腐败，民怨沸腾，社会矛盾尖锐。外部，明朝频繁遭受倭寇侵袭，辽东、河北、东南沿海等地都成为了倭寇的常年盘踞之地。

与元朝和清朝相比，明朝的海防体系相对薄弱。元朝时期，元朝在海防方面非常重视，设有专门负责海防的播州提举司和闽东安抚使等机构，有效地防范了外敌入侵。清朝则是通过设立关东将军镇压和控制辽东半岛，形成有效的海防体系。

然而，明朝在海防方面并没有像元朝和清朝那样重视，导致了倭寇的盛行。明朝时期，明廷更多地把精力放在了北方和西南的防御上，对沿海的保护相对较少。明朝实施的海禁政策限制了对外交流，导致了中国海防力量的衰退。

明朝对倭寇的打击力度不够强大。虽然明朝也采取了一些措施加强对倭寇的打击，如设立巡检、护军等机构，修筑长城等，但相对而言，明朝的海防力量仍然不足，倭寇依然能够频繁出没。而元朝和清朝对倭寇的打击则更加有力，尤其是清朝，通过组织全国性的防御体系和整编海防军队，有效地遏制了倭寇的扩张。

明朝皇帝郁闷的原因主要是由于明朝面临内外交困，海防体系薄弱以及对倭寇的打击力度不够。与元朝和清朝相比，明朝无法有效地防御倭寇的侵袭，导致了倭寇问题的长期存在。